GROMACS程序DEMO例程 概述 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------该例程来自Gromacs程序sharetutor目录下整个例程大概只需要十分钟就可以完成非常适合

gromacs的一些笔记用了一个星期基本操作差不多了套路自顶向下大概是这样：1．核心步骤当然是mdrun了当然后续的数据分析才是对理论水平的要求先不讨论这里需要一个tpr输入文件——由grompp生成的计算体系和计算控制详细信息的二进制文件计算生成trr轨迹文件xtc压缩的轨道文件edr能量等状态参量记录文件log计算记录等后续处理靠这些输出文件和 gmx提供的命令2．grompp预处理文件

gromacs基础知识Gromacs的pdb2gmx命令使用gromacs做分子动力学模拟时第一个要用到的命令一般都是pdb2gmx这个命令吧pdb分子文件转化成gromacs独特的gro分子结构文件类型同时产生分子拓扑文件Gromacs是典型的GPL软件每一个命令都有很多命令参数这对熟悉windows环境的人来说有一点烦但是如果熟悉了Linux环境也就慢慢喜欢啦(建议多使用命令就像VMD

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级?? Gromacs介绍主要内容： Gromacs简介 Gromacs原理 Gromacs运算步骤 Gromacs结果分析GROMACSFast Flexible FreeLysozyme in WaterRMSD什么是分子模拟分子模拟是在分子模型的基础上用计算机做实验计算机实验通过模拟微观粒子的运动来计算宏观性质温度

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