单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第七章 耗散粒子动力计算法一耗散粒子动力计算 耗散粒子动力计算(DPD)为介于原子尺度与介观范围内的模拟方法此模拟方法的优点在于能有效地探讨分子的堆积与分散的问题适用于研究混合体系的相行为DPD模拟的体系最多可包含106个原子并且可研究微妙时间范围内的动力行为 在DPD的模拟方法中将分子视为一团或一堆依照牛顿运动方

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级气体动理论 一 自由度 单原子分子 双原子分子 多原子分子 刚性 分子 二 麦克斯韦分布 三种速率 最概然速率 (最可几速率 )平均速率 方均根速率 三 玻尔兹曼分布 在重力场中 四 平均自由程 平均碰撞次数 五 实际气体的范德瓦耳斯方程 一摩尔理想气体 1)考虑分子有大小 应有 ∶ 常数

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级多体系统—分子动力学Multi-body SystemMolecular Dynamics引 言物质基本构成—分子原子在分子原子这个微观水平上来考察物质：多体世界查清楚微观世界宏观就清楚了从微观考虑问题的现实可行性从微观考虑问题的必要性物性的观测性参数：

分子动力学软件选择There are widely used packages like AMBER CHARMm and X-PLOR:.amber.ucsf.eduamberamber:yuri.harvard.edu:xplor.csb.yale.eduCHARMm and X-PLOR both use the same forcefield.

Click to edit Master title styleClick to edit Master text stylesSecond levelThird levelFourth levelFifth level第三章 分子模拟方法 1. 蒙特卡罗(Monte Carlo)方法基础 2. 分子动力学(Molecular Dynamics)方法基础 3. 程序讲解 本章具

例一units metal 单位为lammps 中的metel 类型boundary p p p 周期性边界条件atom_style atomic 原子模式lattice fcc 3.61 Cu 的晶格常数3.61region box block 0 4 0 4 0 4 xyz 各方向上的晶胞重复单元数也即区域大小create_box 1 box 将上述区域指定为模拟的盒子cre

研究历史20世纪50年代高温合金设计航空航天领域60年代苏联人提出人工半导体超晶格概念预报了化合物的结构与性能70年代梅迪马金属间化合物的生成热和稳定性预测苏联萨维斯基金属间化合物计算和预报日本人提出d电子合金设计思想应用于钛合金设计领域80年代美国海军研究院建立隐身材料设计决策系统日本山岛良绩等建立了计算机辅助合金设计系统应用于核反应堆防护材料的设计90年代建立了一系列材料设计专家系统兴起了从原

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级经典分子动力学模拟综述Classical Molecular dynamics simulation课程安排授课形式：讲座小组讨论文献阅读考核形式：报告大作业分子动力学概述经典分子动力学将原子视为经典粒子通过求解各粒子的运动方程得到不同时刻粒子的空间位置运动状态从而统计出材料的宏观行为特性理论基础：《统计物理》微观粒子的运动状

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级计算机分子模拟方法第三章分子动力学方法本章的具体内容(1)分子动力学方法基础 周期边界 最小影像 差分格式 位势截断(2)L-J流体体系(3)微正则系综分子动力学(4)正则系综分子动力学(5)等温等压系综分子动力学计

Click to edit Master title styleClick to edit Master text stylesSecond levelThird levelFourth levelFifth level分子模拟及分子动力学简介什么是分子模拟什么是分子模拟分子模拟是在分子模型的基础上用计算机做实验计算机实验通过模拟微观粒子的运动来计算宏观性质温度压力黏度传递性质表面张力．．．．分子

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级分子动力学方法和计算机模拟彭 平Molecular Dynamics method puter simulation什么是分子动力学 分子动力学(MD)模拟就是用计

Click to edit Master title styleClick to edit Master text stylesSecond levelThird levelFourth levelFifth level分子动力学研究F 1 -ATP合酶对三磷酸腺苷的稳定和定位作用伍绍贵高晓彤李权廖杰徐成刚 1 四川师范大学化学与材料科学学院成都610068 2 中国科学院理论物理研究所理论物理国

如何寻找transition state??Answer: ?? A sample route section ?? gfinput iop(67=3) ?? B3LYP6-31G(d) Opt(TSNoeigen) ?? In order to increase the efficiency of the saddle point searchwe could cal ??culate ?

Molecular Dynamics Hands-on Session IITutorial on MD simulations using Gromacs 3.3.3Tsjerk A. WassenaarAnalysis of data from molecular dynamics simulationWhen the simulation has finished it is time

单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级2014122??单击此处编辑母版标题样式LAMMPS即Large-scale AtomicMolecular Massively Parallel Simulator可以翻译为大规模原子分子并行模拟器主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作一般来讲分子动力学所涉及到的领域LAMMPS代码也都涉及到了什么是lammps Lammps是一个经

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级多体系统—分子动力学Multi-body SystemMolecular Dynamics引 言物质基本构成—分子原子在分子原子这个微观水平上来考察物质：多体世界查清楚微观世界宏观就清楚了从微观考虑问题的现实可行性从微观考虑问题的必要性物性的观测性参数：

分子动力学方法模拟不同温度下铀酰在叶腊石上的吸附和扩散行为张陶娜徐雪雯董亮谭昭怡刘春立 1 北京分子科学国家实验室放射化学与辐射化学重点学科实验室北京大学化学与分子工程学院北京100871 2 中国工程物理研究院核物理与化学研究所四川绵阳621900 10 ns模拟后不同温度下铀酰聚合物的结构图 物理化学学报201733(10):

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级学术报告之二分子动力学方法应用 学生：付健健 时间：20121210分子动力学模拟概论12Amber 10.0软件介绍3分子动力学应用实例--研究案例44总结及展望主要内容45参考文献1.1 分子动力学模拟概

Click to edit Master title styleClick to edit Master text stylesSecond levelThird levelFourth levelFifth level冲击载荷下TATB晶体滑移和各向异性的分子动力学研究周婷婷宋华杰黄风雷 1 北京应用物理与计算数学研究所北京100094 2 北京理工大学爆炸科学与技术国家重点实验室北京10008

LAMMPS手册学习简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷什么时LAMMPSLAMMPS是一个经典的分子动力学代码他可以模拟液体中的粒子固体和汽体的系综他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子聚合物生物金属粒状和粗料化体系LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子大到上百万甚至是上亿个粒子LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率但是它是专门为并行计算机设