基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现表达谱芯片及其应用表达谱DNA芯片(DNA microarrays for gene expression profiles)是指将大量DNA片段或寡核苷酸固定在玻璃硅塑料等硬质载体上制备成基因芯片待测样品中的mRNA被提取后通过逆转录获得cDNA并在此过程中标记荧光然后与包含上千个基因的DNA芯片进行杂交反应30min20h后将芯片上未发生结
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级利用基因芯片进行基因表达谱分析第三讲RNA的检测: 表达丰度剪切体DNA的检测:SNPCGHMethylationcDNA 芯片的主要用于:表达谱芯片CGH寡核苷酸芯片主要用于:诊断芯片SNP分型芯片基因芯片应用More Microarray Applications Chromosomes DNA
单击此处编辑母版文本样式 第二级 第三级 第四级 第五级单击编辑母版标题Bioinformatics 2008-2009 Semester 1 USTC生物信息学第八章 基因芯片分析本章内容提要1. Microarray简介2. 图像处理与数据标准化3. 基因芯片的数据分析4. Microarray:工具数据库基因芯片1. 基因芯片 (1987)2. 根据免疫测定的 (immunoassay)的方
生物芯片及其应用 陈 欢 副研究员 Email:chenhuan7809@QQ:20179430什么是芯片?内容介绍目前主要的生物芯片类型介绍表达谱芯片的实验过程一、生物芯片的类型表达谱芯片CGH芯片芯片测序MicroRNA芯片ChIP-chip ( ChIP-seq)蛋白质芯片组织芯片核酸水平非核酸水平CGH芯片工作原理CGH芯片应用(1)精确、定量地研究人类基因组微缺失和微扩增及其定位方面的应
生物芯片及其应用 陈 欢 副研究员 Email:chenhuan7809@QQ:20179430什么是芯片?内容介绍目前主要的生物芯片类型介绍表达谱芯片的实验过程一、生物芯片的类型表达谱芯片CGH芯片芯片测序MicroRNA芯片ChIP-chip ( ChIP-seq)蛋白质芯片组织芯片核酸水平非核酸水平CGH芯片工作原理CGH芯片应用(1)精确、定量地研究人类基因组微缺失和微扩增及其定位方面的应
第8章 基因表达数据分析基因芯片或DNA微阵列等高通量检测技术的发展可以从全基因组水平定量或定性检测基因转录产物mRNA获取基因表达的信息由于生物体中的细胞种类繁多同时基因表达具有时空特异性因此基因表达数据要比基因组数据更为复杂数据量更大数据的增长速度更快基因表达数据中蕴含着基因调控的规律可以反映细胞当前的生理状态例如()是否恶化()是否对药物有效等对基因表达数据的分析是生物信息学的重大挑战
判别分析和聚类分析是两种不同目的的分类方法它们所起的作用是不同的判别分析方法假定组(或类)已事先分好判别新样品应归属哪一组对组的事先划分有时也可以通过聚类分析得到聚类分析方法是按样品(或变量)的数据特征把相似的样品(或变量)倾向于分在同一类中把不相似的样品(或变量)倾向于分在不同类中聚类分析根据分类对象不同分为Q型和R型聚类分析聚类分析方法不仅用来对样品进行分类而且可用来对变量进行分类在对变量进行
表达谱芯片解决方案??※ 概述表达谱芯片是采用cDNA或寡核苷酸片段作探针固化在芯片上将待测样品(处理组)与对照样品的mRNA采用荧光分子进行标记然后与芯片进行杂交通过分析两种样品与探针杂交的荧光强度的比值来检测基因表达水平的变化?※ 技术流程??? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ??※ 生物信息分析策略a) ?数据预处理和归一化系统误差的存在使得同一芯片上和不同芯片间基因表达水平的直
全基因组表达谱分析方法(DGE)----基于新一代测序技术的技术路线该方法首先从每个mRNA的3端酶切得到一段21bp的TAG片段(特异性标记该基因)然后通过高通量测序得到大量的TAG序列不同的TAG序列 的数量就代表了相应基因的表达量通过生物信息学分析得到TAG代表的基因基因表达水平以及样品间基因表达差异等信息技术路线如下:1 样品准备:a) 提供浓度≥300ngul总量≥6ugOD260
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