引物设计原则:找出这种细胞物种的PTN全长核苷酸序列采用primer premier 5.0软件设计引物设计应注意如下要点:1. 引物的长度一般为15-30 bp常用的是18-27 bp但不应大于38因为过长会导致其延伸温度大于74℃不适于Taq DNA聚合酶进行反应[2]2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高尤其是3端相似性较高的序列否则容易导致错配引物3端出现3个以上的连续碱基如GGG
定义:启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列包含核心启动子区域和调控区域核心启动子区域产生基础水平的转录调控区域能够对不同的环境条件作出应答对基因的表达水平做出相应的调节一般查阅外文文献老外从转录起始位点(Transcription Strart SiteTSS记为1位)开始上溯2K-3K的区间算做是启动子区域:启动子的范围非常大可以包含转录起始位点上游2000bp有些特定基因的转录区
如何查找一个基因的启动子序列???????????????????????????????????????????定义:启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录,调控区域能够对不同的环境条件作出应答,对基因的表达水平做出相应的调节。?区域:启动子的范围非常大,可以包含转录起始位点上游2000bp,有些特定基因的转录区内部也存在
如何查找一个基因的启动子序列- UCSC Genome Bioinformatics Site 来源:shumingky 发布时间:2009-09-13 查看次数:1712 本篇文章写于早期随着UCSC的改版本文部分内容与不一致读者操作起来可能不方便为此站长了一篇文章: =415 应用UCSCEnsembl查找基因启动子(promoter)内含子外显子序列大家可按该文章讲述的方法
首先引物要跟模板紧密结合其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应(即错配)围绕这几条基本原则设计引物需要考虑诸多因素如引物长度(primer length)产物长度(product length)序列Tm值(melting temperature)ΔG值(internal stability)引物二聚体及发夹结构(duplex formati
基因组 序列—m RNA 序列-CDS 序列设计方法:(以NME1 homo为例)在 HYPERLINK :.ncbi.nlm.nih.govpubmed :.ncbi.nlm.nih.govpubmed 上搜索到CDS序列DNA序列mRNA序列2找到mRNA序列DNA序列左键--点击gene bank得到DNA序列点下面那个—左键--点击gene ban
1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的在NCBI上搜索不同物种的同一基因通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment)各基因相同的序列就是该基因的保守区 2.引物长度一般在1530碱基之间 引物长度(primer length)常用的是18-27 bp但不应大于38因为过长会导致其延伸温度大于74℃不适于Taq DNA 聚
①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。 ②引物扩增跨度: 以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段。 ③引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。 ④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3’端的互补,否则会形成引物二聚体,产
引物设计原则:找出这种细胞物种的PTN全长核苷酸序列采用primer premier 软件设计引物设计应注意如下要点:1. 引物的长度一般为15-30 bp常用的是18-27 bp但不应大于38因为过长会导致其延伸温度大于74℃不适于Taq DNA聚合酶进行反应[2]2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高尤其是3端相似性较高的序列否则容易导致错配引物3端出现3个以上的连续碱基如GGG或CCC也会
引物长度(primer length)产物长度(product length)序列Tm值 (melting temperature)ΔG值(internal stability)引物二聚体及发夹结构 (duplex formation and hairpin)错误引发位点(false priming site)引物及产物GC含量position) 反映了引物
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