蛋白质序列二级结构的搜索Abstract生命科学家使用的生物数据集的查询工具效率低下在基于二级结构的大型数据集上搜索的问题定义了直观的二级结构的查询语言评估查询的算法在Periscope、ORDBMS上实现算法框架:优化查询、评估各种查询估计计划的开销高效、交互式的二级结构查询(大型蛋白质数据集)1Introduction人类基因组工程:从蛋白质和DNA序列中得出有意义的生物信息、知识(bioin
P58主讲人:卢亚萍蛋白质的二级结构P58蛋白质的分子结构 二 蛋白质的二级结构 二 蛋白质的二级结构虽是单键却有双键性质周边六个原子在同一平面上前后两个a-carbon在对角(trans) 二 蛋白质的二级结构Ca-C 和Ca-N 之间是s 键,可以自由旋转。蛋白质的二级结构指多肽链本身通过氢键沿一定方向盘绕、折叠而形成的构象。二级结构的概念 二 蛋白质的二级结构天然蛋白质主要二级结构单元包括:
蛋白质的二级结构 Secondary Structure of Proteins蛋白质具有唯一的化学结构一个经典蛋白质的共价骨架含有数百个化学键,由于围绕这些化学键发生的可能的自由旋转,蛋白质分子可能有无限个空间构象。然而每个蛋白质具有一种特定的化学或结构上的功能,表明每一种蛋白质只有一个唯一的三维结构。1920s后期,几种蛋白质被结晶,包括血红蛋白(Mr 64500)和脲酶(Mr 48300)
P58主讲人:卢亚萍蛋白质的二级结构P58蛋白质的分子结构 二 蛋白质的二级结构 二 蛋白质的二级结构虽是单键却有双键性质周边六个原子在同一平面上前后两个a-carbon在对角(trans) 二 蛋白质的二级结构Ca-C 和Ca-N 之间是s 键,可以自由旋转。蛋白质的二级结构指多肽链本身通过氢键沿一定方向盘绕、折叠而形成的构象。二级结构的概念 二 蛋白质的二级结构天然蛋白质主要二级结构单元包括:
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蛋白质的二级结构Protein Secondary Structure复旦大学生物化学系黄伟达作用力 破坏因子氢键: α-螺旋,β-折叠 尿素,盐酸胍疏水作用: 形成球蛋白的核心去垢剂,有机溶剂Van der Waals力:稳定紧密堆积的和原子离子键:稳定α-螺旋,三、四级结构 酸、碱二硫键:稳定三、四级结构还原剂配位键:与金属离子的结合螯合剂 EDTAInteractions stabili
蛋 白 質 體 學ExPASy資料庫簡介蛋白質序列分析與預測授課老師:呂平江 教授(清華大學 生命科學系)指導老師:李永安老師整理同學:生科四林崇文 488340535生科四鄭詩思 488340365餐管四李佩真 488372564輔仁大學生命科學系ExPASy的蛋白質體分析工具Protein identification and characterization蛋白質鑑定及特性描述
蛋白质的高级结构超二级结构和三、四级结构一级结构:氨基酸序列及二硫键位置 二级结构:α螺旋,β折叠超二级结构 Module结构域(domain)三级结构:所有原子空间位置四级结构:蛋白质多聚体蛋白质的结构层次高级结构超二级结构(Supersecondary structure)超二级结构是介于蛋白质二级结构和三级结构之间的空间结构,指相邻的二级结构单元组合在一起,彼此相互作用,排列形成规则的、
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单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级蛋白质二级结构预测软件蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白全β蛋白αβ蛋白和αβ蛋白等四个折叠类型预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和二级结构的
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