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Click to edit Master title styleClick to edit Master text stylesSecond levelThird levelFourth levelFifth level第四章 分子动力学模拟方法1957年:基于刚球势的分子動力学法(Alder and Wainwright) 1964年:利用Lennard-Jone势函数法对液态氩性质的模拟(R
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第十章 MC 计算方法MC 模拟-stochastic 模拟动机:从随机的模拟获得平衡的静态的系统性质随机的:系统的构象不遵循运动方程前提:系统的构象遵循一定的统计分布如 Boltzmann分布优点:1)无需计算力 2)对不同的系综均容易执行 3)灵活的随机行走取样MC积分法-随机标靶法 定积分 区内几率 N : 总点数
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第四章 分子动力模拟计算的原理基本原理牛顿力学方法 (仅适用于直角坐标系)拉格朗日力学方法 (适用于任何坐标系)基本原理哈密顿力学方法(更便于做量子力学和统计力学计算)基本原理系统中任一原子i所受的力为势能的梯度:由牛顿运动定律可得i原子的加速度为:将牛顿运动定律方程式对时间积分可预测i原子经过时间t后的速度与位置牛顿运动力学
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单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第五章分子动力学模拟 计算的应用本章内容运动轨迹分析热力学特性的计算径向分布函数相关函数的计算运动轨迹分析结构图像 (可视化图形软件)几何参量的时间关系曲线 (graceoriginexcel)键长:键角:二面角:两个面法线的交角法线向量方向:平面内非平行两向量的差乘误差分析 势能函数 可以在计算力的同
分子模拟方法 简化计算量 (相对第一性计算而言) 着重于有限温度下体系的性质 观察物质微观运动的细节 计算机虚拟实验联系解析理论与实体实验的桥梁1. 简介. 分子模拟的目的. 平衡统计物理基本概念 势能面(potential energy surface):由不同构型形成的势能的集合系综(ensemble):系统在给定宏观条件下所有状态的集合 两个基本假设:等几率原理与各态历经By Chris
分子模拟二元体系离子液体的从头算法分子动力学模拟文献原文介绍文献模拟方法文献模拟细节文献模拟结果与分析1234主要内容一文献原文介绍原文主要内容这篇文章通过从头算分子模拟的方法首次深入的研究了1-乙基-3-乙基咪唑的硫氰酸盐与氯化物的二元混合体系的结构主要是通过径向分布函数联合分布函数与角度分布函数的模拟来考察二元混合体系的咪唑部分的结构性质二文献模拟方法1模拟体系的最终结构参数是对GROMACS
1单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级分子力学和分子动力学Molecular Mechanics and Molecular Dynamics 甄云梅20111210内容简介力场 1.分子力场的势函数形式 2.分子力场分类 3.力场的参数化能量最小化热力学性质分子力学----简介分子力学又叫力场方法( force field method)是基于经典牛顿力学方程的一种计算分
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级分子动力学模拟及其在化学物理及生物物理中的应用王 延 颋中国科学院理论物理研究所理论物理暑期学校 北京 2012 年 8 月
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