用ClustalX做多序列比对分析图示1打开程序如下图所示:2Load Sequnce 载入序列如下图所示:fasta格式的文件关键不在于文件名的后缀是什么而是在于序列的格式fasta的格式是:1第一行以>开头紧接着序列的注释和描述2第二行是纯序列atgcg....其他序列再起一行如此下去就可以了如:>seq1 this is a exampleatgattggaacttgacgt....>seq
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第一部分:多序列比对意义方法算法Clustal的使用 第二部分:常见的序列分析软件分类简介多序列比对的意义Clustal的渐进比对过程快速的序列两两比对计算序列间的距离获得一个距离矩阵Clustal的应用第二步:设定比对的一些参数1.综合序列分析软件包 除了分析程序以外 GCG 同时也提供多种生物学数据库核酸相关的:GenBank( ) EMBL () 蛋白质相关的: SW
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级多序列比对 双序列比对是序列分析的基础然而对于构成基因家族的成组的序列来说我们要建立多个序列之间的关系这样才能揭示整个基因家族的特征多序列比对在阐明一组相关序列的重要生物学模式方面起着相当重要的作用 多序列比对有时用来区分一组序列之间的差异但其主要用于描述一组序列之间的相似性关系以便对一个基因家族的特征有一个简明扼
2对比序列分析的作用对比序列分析有助于进一步审查关于政策行为对政策结果影响的报告的有效性
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级基 础 生 物 信 息 学 及 应 用基础生物信息学及应用王兴平多序列比对分子进化分析——系统发生树构建核酸序列的预测与鉴定酶切图谱制作引物设计内 容多序列比对内容:多序列比对多序列比对程序及应用第一节多序列比对(Multiple sequence alignment)概念多序列比对的意义多序列比对的打分函数多序列比对的方法
Mauve基因分子进化分析步骤加至8ml 1X SSC搅拌10min重复一次取8支试管按实验指导的表格加入试剂加毕置沸水浴10分钟取出冷却以0号管(空白管)调零点于595nm波长比色以光密度为纵坐标DNA含量(μgml)为横坐标绘制标准曲线.将实验中所得到的兔肝DNA溶液作为待测样品取两只试管分别标U和B按表加入试剂混匀置沸水中10min 取出冷却在595nm处以B管调零测得待测液的光密度值从标准
序列比对___________编号______________邮箱_______________ 日期__________基本概念举例说明序列相似性和同源性之间的差别和联系举例说明全局比对和局部比对的适用范围举例说明BLOSUM计分矩阵和PAM计分矩阵的构建方法和特点举例说明空位罚分的意义和用法了解动态规划双序列全局比对和局部比对算法的基本思路序列比对点阵图(Dot Plot)方法应用实
序列对位显著性检验
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级2011-6-4??单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级2011-6-4??基于传统序列比对的MP和CP的分类研究 背景知识生物信息学的当前研究内容主要包括:实验数据的自动化获取加工和整理序列的拼接
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