单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第三章 分子力学的应用科学问题分子结构:蛋白质核酸配体膜表面高分子? 相对能量 – 构象能立体效应 – 溶剂化 – 分子间相互作用 结合能? 异构化能振动频率生成热势能面 势能为分子中原子坐标的函数由原子不同的坐标所得到的势能构成所谓的势能面Local Maxima Global Maximum Loc
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第五章分子动力学模拟 计算的应用本章内容运动轨迹分析热力学特性的计算径向分布函数相关函数的计算运动轨迹分析结构图像 (可视化图形软件)几何参量的时间关系曲线 (graceoriginexcel)键长:键角:二面角:两个面法线的交角法线向量方向:平面内非平行两向量的差乘误差分析 势能函数 可以在计算力的同
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第四章 分子动力模拟计算的原理基本原理牛顿力学方法 (仅适用于直角坐标系)拉格朗日力学方法 (适用于任何坐标系)基本原理哈密顿力学方法(更便于做量子力学和统计力学计算)基本原理系统中任一原子i所受的力为势能的梯度:由牛顿运动定律可得i原子的加速度为:将牛顿运动定律方程式对时间积分可预测i原子经过时间t后的速度与位置牛顿运动力学
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单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级计算化学-多学科交叉化 学物理学计算机科 学材料科学生命科学数 学计算化 学环境科学体系数据和性质的综合分析分子 (材料)CAD合成路线CAD化学 CAI数据采集统计分析及其它应用化学数据库量子化学计算分 子 模 拟分子结构建模与图象显示化学人工智能分子力学( MM )分子动力学(MD MC)计算化学计算机化学的主要内容
单击此处编辑母版标题样式title单击此处编辑母版文本样式 words第二级words第三级words第四级words第五级words第二章 分子模拟中的常用概念1坐标体系(Coordinate systems)笛卡尔坐标(Cartesian coordinates)即用原子的xyz值来表征分子构型如:甲烷分子的笛卡尔坐标表示法 C1 -2.8116
单击此处编辑母版标题样式title单击此处编辑母版文本样式 words第二级words第三级words第四级words第五级words分子模拟原理及应用(二)molecular modellingprinciples and appilications计明娟 2006.91第一章 序言化学就其物质的根本组成来说是由电子及原子核构成的1964年加州大学的Walter Kohn教授和Hohenb
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第六章 长程作用力的计算长程作用力的计算 中央多极展开法 Ewald求和法 作用场与镜像电荷计算法 溶剂介电质模型中央多极展开法分子的各电极分别为: 零极(分子所带的电荷量) 非中性的离子或分子 二极(偶极dipole) 中性的分子如H2O
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