实验一 常用生物信息学数据库的使用一实验目的:掌握核酸序列检索的操作方法熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义了解EMBL数据库序列格式及其主要字段的含义熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存二实验器材:计算机NCBI等生物信息学网络资源三实验原理:建立生物分子数据库的动因是由于生物分子数据的高速增长而另一方面也是为了满足分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新
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生物信息数据库生物信息数据库产生背景上个世纪60年代以来随着核酸序列测定蛋白质序列测定以及基因克隆和PCR技术的不断发展与完善全世界各研究机构获得了大量的生物信息原始数据面对这些以指数方式增长的数据资源传统的研究方式已经来不及迅速消化因此有必要采用有效的方法将它们进行适当的储存管理和维护以便进一步分析处理和利用这就需要建立数据库即生物信息数据库 ADDIN .{A641E9E8-964C-42A
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级分子生物信息数据库简介一级数据库 直接来源于实验获得的原始数据只经过简单的归类整理和注释 一级核酸数据库:GenBank数据库EMBL数据库DDBJ数据库 一级蛋白质序列数据库:SWISS-PROT库PIR库 一级蛋白质结构数据库:PDB数据库二级
生物分子数据高速增长(6)先进的软硬件配置1.?不断增加?2.?不断修正一级数据库基因组数据库核酸序列数据库蛋白质序列数据库蛋白质结构数据库由美国国立生物技术信息中心(NCBI)维护的一级核酸序列数据库? 这三个数据库是综合性的DNA和RNA序列数据库每条记录代表一个单独连续附有注释的DNA或RNA片段2?基因组数据库???:?(1) 从核酸数据库经过翻译推导而来 (2) 从蛋白质数据库PIR挑
常用生物信息学数据库和分析工具数据库因特网网上生物信息学教程EBI自修课程:.ebi.ac.uk2canNCBI自修课程:.ncbi.nlm.nih.govEducation自修课程:lectures.molgen.mpg.deonline_lectures生物信息学常问的问题:bioinformatics.orgfaq生物信息学
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单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级生物信息学数据库信息检索教研室薛晓芳2010年11月2日生物信息学概念生物信息学是对生物学数据进行收集处理存储检索和分析的一门交叉学科研究生物信息的采集处理存储传布分析和解释等各个方面通过综合数学计算机科学和生物学的工具与技术来揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘研究目标是发展和利用先进计算技术解决生物学难题生物信息学数
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