单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第四章 分子动力模拟计算的原理基本原理牛顿力学方法 (仅适用于直角坐标系)拉格朗日力学方法 (适用于任何坐标系)基本原理哈密顿力学方法(更便于做量子力学和统计力学计算)基本原理系统中任一原子i所受的力为势能的梯度：由牛顿运动定律可得i原子的加速度为：将牛顿运动定律方程式对时间积分可预测i原子经过时间t后的速度与位置牛顿运动力学

编 号： 审定成绩： 重庆邮电大学毕业设计(论文)设计(论文)题目：P53蛋白与DNA片段的分子动力学模拟研究学 院 名 称 ：生物信息学院学 生 姓 名 ：陶佳海专 业 ：生物信息学班 级 ：0650602学 号 ：06460211指 导 教 师 ：白明泽答辩组

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单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级第五章分子动力学模拟 计算的应用本章内容运动轨迹分析热力学特性的计算径向分布函数相关函数的计算运动轨迹分析结构图像 (可视化图形软件)几何参量的时间关系曲线 (graceoriginexcel)键长：键角：二面角：两个面法线的交角法线向量方向：平面内非平行两向量的差乘误差分析 势能函数 可以在计算力的同

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级分子动力学模拟及其在化学物理及生物物理中的应用王 延 颋中国科学院理论物理研究所理论物理暑期学校 北京 2012 年 8 月

Click to edit Master title styleClick to edit Master text stylesSecond levelThird levelFourth levelFifth level第四章 分子动力学模拟方法1957年：基于刚球势的分子動力学法(Alder and Wainwright) 1964年：利用Lennard-Jone势函数法对液态氩性质的模拟(R

gromacs基础知识Gromacs的pdb2gmx命令使用gromacs做分子动力学模拟时第一个要用到的命令一般都是pdb2gmx这个命令吧pdb分子文件转化成gromacs独特的gro分子结构文件类型同时产生分子拓扑文件Gromacs是典型的GPL软件每一个命令都有很多命令参数这对熟悉windows环境的人来说有一点烦但是如果熟悉了Linux环境也就慢慢喜欢啦(建议多使用命令就像VMD

lammps做分子动力学模拟时需要一个输入文件(input script)也就是in文件以及关于体系的原子坐标之类的信息的文件(data file)lammps在执行计算的时候从这个in文件中读入命令所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in文件的编写和使用下面介绍一些关于in文件的事项? 每一非空行都被认为是一条命令(大小写敏感但极少有命令或参数大写的)? in文件中各命令的顺序可能会对计