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分子进化树构建及数据分析的简介开始动笔写这篇短文之前我问自己为什么要写这样的文章写这样的文章有实际的意义吗我希望能够解决什么样的问题带着这样的疑惑我随手在丁香园(DXY)上以关键字进化 分析 求助进行了搜索居然有289篇相关的帖子(2006年9月12日)而以关键字进化 分析和进化为关键字搜索分别找到2733和7724篇相关的帖子考虑到有些帖子的内容与分子进化无关这里我保守的估计大约有3000
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1. 建树前的准备工作 相似序列的获得——BLAST BLAST是目前常用的数据库搜索程序它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写意为基本局部相似性比对搜索工具(Altschul et al.1990[62]1997[63])国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段并作为
分子进化树构建及数据分析的简介(入门极品)[color=black][color=black][b]这是转来的一篇文章来自丁香园做病毒的兄弟姐妹肯定离不开进化树的构建和序列比对及最重要的结果分析不同的构建方法能带来截然不同的结果我根据使用经验加了一些标注[b][color][color]分子进化树构建及数据分析的简介mediocrebeing rodger lylover klaus ol
进化树构建方法一、获取序列 一般自己通过测序得到一段序列(已知或未知的都可以),通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列,下载保存为FASTA格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称,注意PHYLIP在DOS下运行,文件名不能超过10位,超过的会自动截留前面10位。 二、多序列比对 目前一般应用CLASTAL X进行,注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件(DND文件)可以直接用
Qu et al Virology J
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉现在推出了Mega5.0版本功能比以前多有改进现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法供大家参考用MEGA构建进化树有以下步骤:1测序:将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序2NCBI上做Blast HYPERLINK h
单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级序列搜索比对以及进化树的构建NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 美国国立生物技术信息中心NCBI负责管理GenBank GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库汇集并注释了所有公开的核酸序列GenBank与日本DNA数据库(DNA Data
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