首先引物要跟模板紧密结合其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应(即错配)围绕这几条基本原则设计引物需要考虑诸多因素如引物长度(primer length)产物长度(product length)序列Tm值(melting temperature)ΔG值(internal stability)引物二聚体及发夹结构(duplex formati
1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的在NCBI上搜索不同物种的同一基因通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment)各基因相同的序列就是该基因的保守区 2.引物长度一般在1530碱基之间 引物长度(primer length)常用的是18-27 bp但不应大于38因为过长会导致其延伸温度大于74℃不适于Taq DNA 聚
①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。 ②引物扩增跨度: 以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段。 ③引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。 ④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3’端的互补,否则会形成引物二聚体,产
引物长度(primer length)产物长度(product length)序列Tm值 (melting temperature)ΔG值(internal stability)引物二聚体及发夹结构 (duplex formation and hairpin)错误引发位点(false priming site)引物及产物GC含量position) 反映了引物
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简并引物设计过程及原则简并引物常用于从已知蛋白到相关核酸分子的研究及用于一组引物扩增一类分子。简并引物设计过程(1)利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系,不同的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的,所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统,查找到一条相关序列即可。随后利用这一序列使用BLASTP(通过蛋白查蛋白)
PCR引物设计的11条黄金法则2006-7-21 8:15:42 信息来源:本站 PCR引物设计的11条黄金法则 生物谷 PCR引物设计的11条黄金法则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的在NCBI上搜索不同物种的同一基因通过序列分析 HYPERLINK soft 软件(比如DNAman)比对(Alignment
SP6:ATT TAG GTG ACA CTA TAG T7:TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG 例如LPGAATTCATTTAGGTGACACTATAGATCCGCGTGAGAAGAGAGAA例如 RP GAATTCTAATACGACTCACTATAGGGTTCTTGCTGGTTTGCATGAG
标准的PCR反应体系: 10×扩增缓冲液 10ul 4种dNTP混合物 各200umolL 引物 各10100pmol 模板DNA Taq DNA聚合酶 Mg2 加双或三蒸水至 100ul PCR反应五要素: 参加PCR反应的物质主要有五种即引物酶d
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